Yazar "Öztürk, Mehmet" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 28
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Afrika'nın artan önemi ve afrika'da ÇİN-ABD rekabeti(Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, 2010) Öztürk, Mehmet; Ataman, MuhittinBu çalışmanın amacı, Afrika'nın önemini vurgulamak, Afrika'da etkinlik gösteren bölgesel ve küresel güçlerin faaliyetlerinin kısaca analizini yapmak ve kıtanın özellikle son yıllarda giderek artan önemine paralel olarak Çin ile ABD'nin Afrika'daki rekabetinin ekonomik, askeri, siyasi ve sosyo-kültürel analizini yapmaktır. Pek çok bölgesel ve küresel güç, Afrika'yla hem önceki ilişkilerinin bir uzantısı şeklinde ve hem de doğal zenginliklerinin paylaşılması ve pazar oluşturma gibi unsurlara istinaden bu kıtaya yönelik ilgilerini, özellikle 2000'li yıllardan sonra, yoğunlaştırmışlardır. Bu gelişmeler, özellikle son yıllardaki etkinlikleriyle öne çıkan ABD ve Çin'in bu kıta üzerindeki askeri, siyasi, ekonomik ve sosyo-kültürel faaliyetlerinin incelenmesi gerekli kılmıştır. Afrika'nın önemini arttıran bu rekabetin analizi yapılmadan kıtasal gelişmelerden haberdar olmak, hatta bu kıta üzerinde oynanan oyunları anlayabilmek ve doğru okuyabilmek imkansızdır.Bu çalışmanın kapsamı aşağıdaki şekilde belirlenmiştir. Son 30 yıldır uygulamaya koyduğu ekonomik reform süreciyle birlikte Çin ekonomisi hızla gelişmektedir. Buna bağlı olarak ortaya çıkan hammadde ihtiyacının ve son 10 yıldır izlediği aktif dış politikanın bir sonucu olarak Afrika kıtasına açılmak istemektedir. Diğer taraftan, ABD de kıtadaki bazı ülkelerden petrol çıkarılmaya başlanması ve askeri hedeflerinin gerektirmesi üzerine gözlerini tekrar Afrika'ya dikmiştir. Bu iki gücün kıtaya yönelik politikaları ve çıkarları, Çin ile ABD'yi bir rekabet ortamına sürüklemiştir.Bu çalışmada öncelikle Afrika'nın artan önemi incelenecektir. Ardından bölgesel ve küresel güçlerin bu kıta ile ilişkileri ele alınacaktır. Ancak tezin esas konusu kıtadaki faaliyetlerinin yoğunluğuyla dikkat çeken Çin ile ABD arasındaki rekabettir. ABD ile Çin'in genel rekabeti sınırlı bir biçimde incelendikten sonra Çin ile ABD'nin Afrika'daki askeri, siyasi, ekonomik ve sosyo-kültürel rekabeti analiz edilecektir.Bu çalışmada iki hipotez üzerinde durulmuştur. Birincisi, özellikle son 10 yılda Afrika'nın önemi arttığı için kıtada yoğun bir Çin-ABD rekabeti yaşanmaktadır. İkincisi, kıtadaki Çin-ABD rekabetinin sebepleri temelde Afrika'daki sömürge döneminden artakalan ve henüz tüketilmeyen petrol başta olmak üzere doğal kaynaklardan pay alma, pazar oluşturma ve kıtadan kendi çıkarlarına yönelik gelişen tehditlere karşı önlemler almadır. Bu bağlamda çalışmada aşağıdaki sorulara cevap aranacaktır. 21. yüzyılda Afrika'nın önemi neden artmaktadır ve Afrikalı devletlerin uluslararası politikadaki yeri ve önemi nedir? Bölgesel (Hindistan, Türkiye, Brezilya ve İran) ve küresel (AB, Rusya ve Japonya) güçlerin Afrika'ya yönelik politikaları nasıldır? Gerçekte bir Çin-ABD rekabeti var mıdır, varsa ne ölçüdedir? İki küresel gücün Afrika Kıtası'na yönelik politikaları ve faaliyetleri nelerdir? Bunların faaliyetleri Afrika'da bir rekabet ve çatışma ortamı oluşturmakta mıdır, oluşturmakta ise hangi yönlerden yaşanmakta ve ne aşamadadır?Öğe Asparagine 79 is an important amino acid for catalytic activity and substrate specificity of bile salt hydrolase (BSH)(Springer, 2019) Öztürk, Mehmet; Önal, CansuMicrobial bile salt hydrolases (BSHs), a member of cholylglycine hydrolase (CGH) family, catalyze the hydrolysis of glycine and taurine-linked bile salts in the small intestine of human. BSH is evolutionarily related to penicillin V acylase (PVA) which hydrolyses a penicillin V and is also a member of CGH family. Although, five of the six amino acids, C2, R16, D19, N170, N79 and R223, supposed to be responsible for catalytic activity of BSH enzyme, are strictly conserved in all CGH family members, N79 is partially conserved in this family. In this study, in order to analyze the correlation between N79 and catalytic activity or substrate specificity of BSH, the polar and acidic N79 was substituted for the aliphatic and hydrophobic V79 by PCR-based site directed mutagenesis and mutant recombinant BSH was expressed in E. coli BLR(DE3). While the effects of the mutation on catalytic activity and substrate specificity of BSH were detected by ninhydrin assay. The effect of this mutation on the stability of the BSH was observed by SDS-PAGE analysis. Although V79 mutation resulted in stable BSH, it reduced the catalytic activity and altered substrate specificity of BSH. The results suggested that N79 might be important for substrate binding and catalytic turnover of BSH.Öğe Birleşmiş Milletler'in Afrika'daki devlet-içi çatışmalara müdahale politikaları(Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, 2015) Öztürk, Mehmet; Ataman, MuhittinDevlet-içi çatışmalara müdahalede, uluslararası politikada görece daha meşru olan uluslararası örgütlerin temel aktör olma rolü yadsınamaz derecede önemlidir. Soğuk Savaş sonrası dönemde dünyanın birçok yerinde daha çok görülmeye başlanan devlet-içi çatışmalara, uluslararası örgütlerin (ve başlıca uluslararası örgüt olarak da Birleşmiş Milletler'in) müdahalelerinin hızla arttığı görülmektedir. İnsani müdahale ve BM barışı koruma operasyonlarında değişimin yaşandığı ve ayrıca koruma sorumluluğu gibi yeni normların ortaya çıktığı bu süreçte uluslararası örgütlerin müdahalelerinde başarı (ve/ya etkililiğin) ve başarısızlığın yanı sıra kimi zaman müdahalesizlik de görülebilmektedir. Bu bağlamda BM gibi uluslararası örgütlerin neden bazı devlet-içi anlaşmazlıklara müdahale etmezken, diğerlerine müdahale etmeyi seçtikleri; müdahale etmeyi seçtiklerinde ise neden başarılı/etkili veya başarısız oldukları incelenmesi gereken önemli sorun alanlarını teşkil etmektedir. Buradan hareketle, BM özelinde uluslararası örgütlerin bu farklı müdahale politikalarını (müdahale edip-etmeme, müdahalenin başarılı/etkili ve başarısız olması) belirlemede belli parametreler oluşturulmuştur. Bunun yanı sıra devlet-içi çatışmaların sık yaşandığı Afrika'dan seçilen üç örnekle bunların sağlaması ve örneklendirmesi yapılmıştır. Bu çerçevede BM'nin 2003-2007 yılları arasında Darfur'daki kayıtsızlığı, BM ile etkileşim halinde NATO'nun Mart 2011-Ekim 2011 tarihleri arasındaki etkili Libya müdahalesi ve BM'nin Somali'deki 1992-1995 yılları arasındaki müdahalesinin başarısızlığı örnek olaylar olarak incelenmiştir.Öğe Busbar Enerji Dağıtım Hatlarında Geniş Bant Haberleşme Sistemi Olanaklarının Araştırılması Ve Geliştirilmesi(2018) Çavdar, Ismail Hakkı; Benveniste, Rıfat; Kaya, Haydar; Öztürk, Mehmet; Hasirci, ZeynepBusbarlar, birçok üstünlügünden ötürü bina içinde elektrik enerjisini tasıyabilen modüler yapıya sahip elektrik dagıtım sistemi elemanlarıdır. Özellikle yüksek güç tüketen endüstriyel alanlarda kullanılırlar. Akıllı sebekelerin ana hedeflerinden olan enerji kalitesinin yükseltilmesi, enerjinin üretim noktasından tüketime kadar izlenmesi, kayıp-verim analizleri, M2M iletisimi vb. gibi problemlerin çözümünde ve bu problemlerin endüstriyel alanlarda daha anlamlı olması gerektigi gerçeginden hareketle busbarlar akıllı sebeke açısından incelenmesi gereken ortamlar olarak karsımıza çıkmaktadır. Akıllı sebeke ile bütünlesen PLC iletisiminde, iletisim kanalı olarak busbarların günümüze degin irdelenmemis olması bu konunun önemini bir kat daha artırmaktadır. Kablolar üzerinde yapılan PLC arastırmalarının busbarları tam ve dogru olarak tanımlamayacagı açıktır. Bu nedenle busbarların PLC iletisim kanalı açısından yüksek frekanslarda (genis bant) kanal karakteristiklerinin hem teorik hem de deneysel olarak belirlenmesi gerekmektedir. Projenin amacı günümüze degin irdelenmemis olan busbarların genis bant PLC uygulamaları için karakteristiklerinin arastırılması ve elde edilecek sonuçların hem bilim hem de endüstriyel anlamda degerlendirilmesidir. Bu baglamda bu proje çalısmasında, dagıtım sebekesinin önemli bir kısmını olusturan busbar dagıtım sistemleri genis bant veri iletim ortamı olarak incelenmistir. Busbar dagıtım hatları, ölçülen Sparametreleri kullanılarak iletken kesitine ve frekansa baglı yeni bir RLGC (f, A) modeli ile modellenmis ve busbar iletim hattı parametreleri elde edilmistir. Busbar PLC kanalı N adet dallanması olan bir ag gibi davranır. Tek dallanmalı bir agın S-parametrelerine dayalı asagıdan-yukarıya (BU) yaklasım ile frekans bölgesinde bir kanal modelleme yoluna gidilmis ve sistemin tümü kaskat baglı N adet tek dallanmalı aglar olarak düsünülmüstür. Farklı ag topolojilerini gerçeklemek üzere bir simülatör ara yüzü olusturulmustur. Burada verici ve alıcı arasındaki hat uzunluklarının, dal özelliklerinin (sayısı, uzunlugu, konumu) ve yük empedanslarının kanalın transfer fonksiyonu üzerindeki etkisi incelenmis, bu degisimlerin kanal kapasitesindeki etkisi de arastırılmıstır. Ilaveten, farklı ag topolojilerinde kanalın etkin gecikme yayılımı hesapları yapılmıs ve BER basarımları elde edilmistir. Bu arastırmanın ilk kez ülkemiz arastırmacı ve kurumları tarafından yapılması, ülkemizin bilimsel ve teknolojik seviyesine önemli katkı saglamıstır.Öğe Construction of R16F and D19L mutations in the loop I of bile salt hydrolase (BSH) enzyme from Lactobacillus plantarum B14 and structural and functional analysis of the mutant BSHs(Taylor & Francis Inc, 2019) Öztürk, Mehmet; Hacıbeyoğlu, Kübra; Önal, Cansu; Kılıçsaymaz, ZekiyeBile salt hydrolase (BSH), found commonly in intestinal species of Lactobacillus and Bifidobacterium, catalyzes the hydrolysis of glycine or taurine-conjugated bile acids into the amino acids and free bile acids. Deconjugated bile acids potentially play an important role in the reduction of blood cholesterol level and formation of some gastrointestinal diseases such as cholestasis, gallstone formation, and colon cancer. Although the crystal and three-dimensional structures of BSH enzyme are known, the working mechanism of catalytic activity of such an important BSH enzyme is not known very well. Previous in silico analysis of multiple BSH has identified that Arginine-16 (R16) and Aspartate-19 (D19) were catalytically important residues in the active site of BSH. To confirm the function of these amino acids, in this study, BSH enzyme from Lactobacillus plantarum B14 strain was cloned into Escherichia coli and strictly conserved polar R16 and D19 amino acids of BSH enzyme were substituted for hydrophobic Phenylalanine-16 (F16) and Leucine-19 (L19) amino acids, respectively, by polymerase chain reaction (PCR)-based site-directed mutagenesis. The effects of the mutations on catalytic activity and structure of the BSH enzymes were detected by ninhidrin assay and sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) analysis, respectively. Research results showed that although F16 mutation led to loss of enzyme activity completely, L19 mutation led to abolishment of the synthesis of BSH enzyme. These results indicated that R16 and D19 amino acids located in loop I of the BSH enzyme might be critical for catalytic activity and assembly of the BSH enzyme respectively.Öğe Critical F129 and L138 in loop III of bile salt hydrolase (BSH) in Lactobacillus plantarum B14 are essential for the catalytic activity and substrate specificity(Taylor & Francis Inc, 2019) Öztürk, Mehmet; Önal, Cansu; Ba, Ndeye MaremeBile salt hydrolase (BSH) is a gut-bacterial enzyme that influences human health by altering the host fat digestion and cellular energy generation. BSH is essential for deconjugation of the glycine or taurine-conjugated bile salts in the small intestine of humans. Therefore, BSH may be a key microbiome target for the designing of new measures to control some diseases in humans. BSHs, a member of the N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase superfamily, exhibit higher variation in substrate specificity. The phenylalanine-129 (F129) and leucine-138 (L138) in loop III of BSH, thought to be responsible for substrate specificity, are partially conserved in this superfamily. In this study, the aromatic-hydrophobic F129 and aliphatic-hydrophobic L138 of C-terminally His-tagged BSH from Lactobacillus plantarum B14 (LbBSH) was substituted for aliphatic-hydrophobic isoleucine (I) and negatively charged polar glutamate (E) amino acid, respectively, by site-directed mutagenesis and characterized using an Escherichia coli BLR(DE3) expression system. Although both mutations resulted in an assembled and stable recombinant BSHs (rBSHs), they altered the catalytic activity and substrate specificity of rBSH. This is the first experimental finding which confirmed that F129 and L138 were critical amino acids for the catalytic activity and substrate specificity turnover of BSH.Öğe Effects of mutations on conserved residues of cytochrome cbb(3) oxidase in R. capsulatus(Wiley, 2006) Öztürk, Mehmet; Mandacı, Sevnur; Gürel, EkremCytochromecbb3oxidase fromR. capsulatusis a member of theheme-copper respiratory oxidase superfamily. This oxidase redu-ces molecular oxygen to water and pumps the protons across themembrane in the process.Öğe The effects of replacement of five highly conservedaminoacids of subunit-i in cbb3-type oxidase ofrhodobacter capsulatus(Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, 2005) Öztürk, Mehmet; Mandacı, Sevnur; Gürel, EkremDemir-bakır oksidazlar, oksijeni suya indirgeyen, hücre zarına gömülü vezar boyunca proton pompalayan solunum zincirinin son elemanlarıdır. Farklıtürdeki Demir-bakır oksidazların I. alt ünitelerine ait amino asit dizilerieslestirildiginde, R. capsulatus ta bulunan cbb3 oksidaz'a ait serine 333 (S333),serine 340 (S340), threonine 350 (T350), asparagine 390 (N390) ve threonine 396(T396) amino asitlerinin, korunmus oldugu görülmüstür. Bu çalısmada, R.capsulatus'a ait cbb3 tipi oksidazda korunmus olan bu amino asitlerin, enzimininyapı ve islevine etkileri arastırılmıstır.Bu amaçla, cbb3 oksidazın ccoNOQP yapısal genini tasıyan rekombinantpOX15 DNA'sının 2.8 kbp'lik parçası pBluescript vektörüne klonlanmıs ve eldeedilen pMOZI klonu kullanılarak hedeflenen amino asitler yönlendirilmis in vitromutagenez ile alanine dönüstürülmüstür. Mutasyonlar DNA dizi analizi iledogrulandıktan sonra, korunmus amino asitler den birisini tasıyan her bir plazmid,R. capsulatus'un GK32 susuna aktarılmıstır. Elde edilen mutantların enzimaktivitesine etkileri NADI boyama ile gözlemlenirken, mutasyonların enzimüzerindeki yapısal etkileri kromatofor zar proteinlerinin Schägger-tipipolyakrilamid jel de ayrıstırılması ve jelin 3,3',5,5'-tetrametilbenzidin (TMBZ) ileboyanmıs ile tespit edilmistir.Serin ve tironin mutantları (S340A, T350A ve T396A) yaban tip ile aynıaktiviteye sahipken, serin 333 mutasyonu (S333A) enzim aktivitesini azaltmıs,asparajin mutasyonu (N390A) ise enzim aktivitesini tamamen yok etmistir.Mutantların hücre zarı proteinlerindeki sitokrom c profilleri incelendiginde, S333A,S340A, T350A ve T396A mutantları yaban tip ile aynı profilleri vermis, ancakN390A mutantında sitokrom cbb3 oksidazın cp alt ünitesine rastlanmamıs ve co altünitesinin de azaldıgı görülmüstür. Arastırma sonuçları, serine 333 ve asparagine390 amino asitlerinin R. capsulatustaki cbb3 tipi sitokrom oksidazın aktivitesi yadayapısı üzerinde kritik öneme sahip oldugunu göstermistir.Anahtar kelimeler: Rhodobacter capsulatus, solunum, cbb3 tipi sitokrom coksidaz aktivitesi, yönlendirilmis mutagenez, kromatofor zar proteini izolasyonu,Öğe Effects of structural changes in bile salt hydrolase enzyme on biocatalytic efficiency and activation energy at working pH and temperature conditions(Hrvatsko Drustvo Kemjijskih Inzenjera I Tehnologa, 2022) Ermurat, Yakup; Öztürk, Mehmet; Önal, Cansu; Kılıçsaymaz, ZekiyeMicrobial bile salt hydrolases (BSHs) catalyse the hydrolysis of glycine and taurine-linked bile salts in the small intestine of humans. Achieving the effects of structural changes in BSH molecules on biocatalytic efficiency (kcat/Km) and activation energy (Ea) is necessary to determine biocatalytic performances of the enzymes. Amino acids responsible for biocatalytic activity or substrate specificity in BSH molecules were modified to determine the effects of structural changes on kcat/Km values and Ea values of the bioconversion reactions. Purified wild type positive control enzyme (pCON2) and mutant recombinant target enzymes (F18L and Y24L) reacted with six conjugated pure bile salt substrates at working temperature and pH conditions. The results of the hydrolysis conversion analysis conducted at various pH conditions were used to estimate kcat/Km, and the assays conducted at various temperature conditions were used to approximate Ea of the biocatalytic reactions. The quantified kcat/ Km value was found remarkably highest with mutant recombinant enzymes (Y24L), while the efficiency value with wild type (pCON2) was determined as lowest, indicating that the structural modifications in BSH molecules showed higher values. The alterations with the mutant-type enzymes F18L and Y24L resulted in decreasing kcat/Km and increasing Ea estimations of the hydrolysis conversion reactions.Öğe Functional characterization of Val58Met and Phe129Ile mutants of bile salt hydrolase from Lactobacillus plantarum in E. coli BLR(DE3) strain(Wiley-Blackwell, 2016) Öztürk, Mehmet; Önal, Cansu; Kılıçsaymaz, Zekiye; Ba, Ndeye Mareme[No Abstract Available]Öğe Identification of lactobacillus strains from breast-fed infant and investigation of their cholesterol-reducing effects(Springer, 2011) Yıldız, Gülgez Gökçe; Öztürk, Mehmet; Aslım, BelmaHypercholesterolemia has been reported to be the main cause of cardiovascular diseases and the leading cause of death. Therefore, decreasing serum cholesterol level is very important for preventing the cardiovascular diseases. It has been supposed that probiotics in human gastrointestinal tract have the ability to decrease serum cholesterol level by reducing the absorption of cholesterol from the intestinal tract and the bile salt deconjugation. In this study, 28 strains of Lactobacillus spp., isolated from breast-fed infant's feces, were identified and investigated for their bile salt deconjugation ability. The deconjugation ability of the strains was determined by the release of cholic acid resulting from the deconjugation of conjugated bile salts. Research results showed that four of the strains had bile salt deconjugation ability. The strains with deconjugation ability have been identified in species level by using biochemical test, and molecular techniques, API 50CHL test and 16S rRNA gene sequence analysis respectively. LP1, E3, and E9 strains with deconjugation activity were identified as Lactobacillus rhamnosus and GD2 strain as Lactobacillus plantarum. Even if oxgall decreases the viability of bacteria, the highest amount of cholesterol precipitation (42%) was performed by GD2 strain in the presence of 0.3% (w/v) bile. This study demonstrated that the identified Lactobacillus strains had an excellent ability to survive at low pH, a high bile deconjugation ability, and hypocholesterolemic effect in in vitro conditions.Öğe İnsan Kaynaklı Lactobacillus plantarum Safra Tuzu Hidrolaz Genlerinin (bsh) Klonlanması ve BSH Enzimin Yönlendirilmiş Mutagenez ile Karakterize Edilmesi(2016) Öztürk, MehmetSafra tuzu hidrolazlar (BSH), sindirim sistemi bakterileri olan özellikle Lactobacillus ve Bifidobacterium, gibi organizmalarda glisin ya da taurin ile konjüge olmuş safra tuzlarının aminoasitlere ve safra asitlerine indirgenmesini sağlamaktadır. Probiyotiklerin ağızdan uygulamaları ile kolesterol seviyesinin %22-33 oranında azalttığı insan, fare, rat ve domuzlarda gösterilmiştir. Diğer taraftan bağırsaktaki bakteriler tarafından salgılanan BSH’ın bağırsakta oluşturduğu dioksikolik asit ve litokolik asit gibi sekonder metabolitler toksik olmaları nedeni ile hücrede DNA hasarı oluşturarak yâda apoptozis’i indükleyerek kolon kanserine neden olduklarını gösteren son yıllarda yapılmış çok sayıda çalışma mevcuttur. BSH ve toksik sekonder metabolitler arasındaki ilişkiyi ortaya koymak için BSH enzimin yapı ve fonksiyonunun daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Bu çalışmada, BSH enziminin yapı ve çalışma mekanizmasını daha iyi anlayabilmek için insan kaynaklı, yüksek BSH aktivitesine sahip yerel Lactobacillus (Lb) plantarum suş’u kullanılmıştır. Bu amaçla gen bankasından türe özgü BSH geni nükleotid dizileri kullanılarak ileri ve geri primerlerin tasarımları yapılarak Lb. plantarum suşudan PZR ile yaklaşık 1,0 kb büyüklüğünde bsh geni çoğaltılmıştır. Çoğaltılan bsh geni pBluescript vektörüne klonlandıktan sonra BSH aktivitesine sahip klonlardaki bsh geni nükleotid dizileri belirlenerek Gen Bankasındaki bilinen bsh genleri ile karşılaştırılmıştır. Son olarak BSH enzimin karakteristik özelliklerini daha iyi anlayabilmek için, bsh geni pET22b ekspresyon vektörüne klonlanarak BSH aktivitesi direk besi yeri ve ninhidrin metodu ile belirlenmiştir. Araştırmanın ikinci bölümünde, katalitik aktiviteden sorumlu olduğu varsayılan Arg-16, Asp-19, Ans-170 ve Arg-223 aminoasitleri sırası ile Phe-16, Leu-19, Val-170 ve Phe223 aminoasitleri kodlayan kodonlara dönüştürülmüştür. Substrat özgüllüğünden sorumlu olduğu varsayılan Phe-18, Tyr-24, Asn-79, Leu-138 ve Asn-180 aminoasitlerini kodlayan kodonlar ise yönlendirilmiş mutasyonla sırası ile Leu-18, Phe-24, Val-79, Glu-138 ve His-180 aminoasitleri kodlayan kodonlara dönüştürülmüştür. Elde edilen mutant enzimler direk besi yeri testi ve ninhidrin metodu ile nitel olarak test edilmiştir. Ninhidrin test sonuçları direk besi yeri test sonuçlarına paralel olarak R16F, D19L, N170V ve R223F mutantlarının enzimin her iki tuza karşı olan aktivitelerini hemen hemen tamamen kaybettikleri gözlenmiştir. Mutant BSH enzimleri safra salgısında bulunan altı farklı safra tuzu (glikokolik asit, glikodioksikolik asit, glikokenodioksikolik asit, taurokolik asit, taurodioksikolik asit ve taurokenedioksikolik asit) ile muamele edilerek mutasyonların enziminin katalitik aktivitelerine ve substrat özgüllüklerine olan etkileri araştırılmıştır. Ninhidrin test sonuçları, R16, D19, N170 ve R223 aminoasitlerinin BSH enziminin aktivitesi için kritik olduğunu göstermiştir. SDSPAGE sonuçları ise D19, N170 ve R223 aminoasitlerinin BSH enziminin stabilitesinde kritik öneme sahip olduğunu gösterirken, R16 aminoasidinin BSH enziminin katalitik aktivitesi için önemli olduğunu göstermektedir. Diğer taraftan BSH enziminin substrat özgüllüğünden sorumlu olduğu varsayılan aminoasitler üzerinde yapılan mutasyon çalışmaları ise, F18, Y24, N79, L138 ve N180 aminoasitlerinin substrat tanımada etkin bir role sahip olduğunu ortaya koymaktadır. BSH enziminin farklı safra tuzlarını tanımasında özellikle F18, N79 ve N180 aminoasitlerinin etkili olduğu gösterilmiştir. Elde edilen sonuçlar, BSH enziminin substrat tanımada birden fazla aminoasidin etkin olduğu daha karmaşık bir mekanizmaya sahip olduğunu göstermektedir. Bu nedenle gelecekte bsh geninde substrat tanımada etkili olan aminoasitleri kodlayan kodonlar üzerinde aynı anda birden fazla mutasyonun yapılmasına ihtiyaç duyulmaktadır.Öğe The K-C channel in the cbb(3)-type respiratory oxygen reductase from rhodobacter capsulatus Is required for both chemical and pumped protons(Amer Soc Microbiology, 2014) Yıldız, Gülgez Gökçe; Gennis, Robert B.; Daldal, Fevzi; Öztürk, MehmetThe heme-copper superfamily of proton-pumping respiratory oxygen reductases are classified into three families (A, B, and C families) based on structural and phylogenetic analyses. Most studies have focused on the A family, which includes the eukaryotic mitochondrial cytochrome c oxidase as well as many bacterial homologues. Members of the C family, also called the cbb(3)-type oxygen reductases, are found only in prokaryotes and are of particular interest because of their presence in a number of human pathogens. All of the heme-copper oxygen reductases require proton-conducting channels to convey chemical protons to the active site for water formation and to convey pumped protons across the membrane. Previous work indicated that there is only one proton-conducting input channel (the K-C channel) present in the cbb(3)-type oxygen reductases, which, if correct, must be utilized by both chemical protons and pumped protons. In this work, the effects of mutations in the KC channel of the cbb(3)-type oxygen reductase from Rhodobacter capsulatus were investigated by expressing the mutants in a strain lacking other respiratory oxygen reductases. Proton pumping was evaluated by using intact cells, and catalytic oxygen reductase activity was measured in isolated membranes. Two mutations, N346M and Y374F, severely reduced catalytic activity, presumably by blocking the chemical protons required at the active site. One mutation, T272A, resulted in a substantially lower proton-pumping stoichiometry but did not inhibit oxygen reductase activity. These are the first experimental data in support of the postulate that pumped protons are taken up from the bacterial cytoplasm through the K-C channel.Öğe Kanser hücrelerinde Wnt/$beta$-katenin yolağının aktivasyonuna bağlı gen anlatım profilinin sage tekniği ile tanımlanması(2005) Koman, Ahmet; Ünal, Özer Durişehvar; Kavak, Erşen; Öztürk, Nuri; Akçali, Can; Öztürk, Mehmet-Öğe Karaciğer kanserinde tümör baskılayıcı genler(2000) Öztürk, Mehmet; Çağatay, Tolga; Ince, Gülayşe; Ünsal, Kezban; Sayan, Emre; Özçelik, Berna; Yakicier, CengizProjenin konusu Dünya'da en sık görülen 10 kanser arasında yer alan karaciğer kanserinde (hepatoselüler karsinoma; HCC) tümör baskılayıcı genlerin yerinin araştırılmasıdır. Projenin iki amacı, HCC gelişmesi sırasında ortaya çıkan ve tümör baskılayıcı genleri etkileyen mutasyonların araştırılması ve mutasyonların biyolojik sonuçlarının in vitro olarak HCC hücre hatlarında incelenmesiydi. Bu amaçlar doğrultusunda HCC de SMAD2, SMAD4 ve p73 genleri incelenmiş, ilk 2 gende seyrek olarak mutasyonların oluştuğu (Yakicier et al. Oncogene 1999; Ozturk 1999), p 73 geninin ise mutasyona uğramadığı gözlenmiştir. Diğer taraftan HCC de mutasyona uğradığı bilinen p53, pl6INK4a ve Retinoblastoma genlerinin kanser oluşumundaki biyolojik önemleri, HCC hücrelerine p53 ve pl6INK4a gen aktarımı yoluyla incelenmiş, retinonlastoma geni işlevsel olmayan HCC hücrelerinde p53 proteininin hücre döngüsünü durdurabildiği, ancak aynı işlevin pl6INK4a proteini tarafından yerine getirilemediği bulunmuştur (Morel et al. ,2000). Proje sonuçlarına göre(l)TGF-beta sinyal yolağının iki önemli aracısı olan SMAD2 veSMAD4 genleri hepatoselüler karsinojenes sırasında mutasyon yoluyla etilenmektedirler; (2) Diğer araştırmacıların göstermiş olduğu gibi, p53 homologu olan p73 geni HCC de mutasyona uğramamaktadır; (3) p53 HCC hücrelerinde, retinoblatoma geninden bağımsız olarak tümör baskılayıcı gen olarak etki gösterebilmektedir.Öğe Molecular cloning and characterization of bile salt hydrolase from lactobacillus gasseri atcc 33323 strain(Taylor & Francis Inc, 2018) Ba, Ndeye Mareme; Öztürk, MehmetBile salt hydrolase (BSH) active probiotic strains are being used in the treatment of hypercholesterolemia related diseases. Understanding the mechanism of action of the BSH of probiotics is crucial. Even though Lactobacillus gasseri is probably one of the most beneficial probiotics on the market, there is no information on the catalytic activity and substrate preferences of its BSH. This study aims to detect the substrate specificity of the BSH of Lb. gasseri ATCC 33323 strain, to determine the optimum temperature and pH of the BSH's activity by ninhydrin assay. To do so, the BSH gene from Lb. gasseri ATCC 33323 was cloned into Escherichia coli XL1-Blue strain, expressed and characterized in E. coli BLR(DE3). Results indicated that even though the recombinant BSH (rBSH) was able to hydrolyze the six major human bile salts, there was an obvious preference for the glycine-conjugated bile salts and the maximum activities of the rBSH were recorded.Öğe Molecular cloning, characterization, and comparison of four bile salt hydrolase-related enzymes from lactobacillus plantarum gd2 of human origin(Taylor & Francis Inc, 2018) Öztürk, Mehmet; Aydın, Yasin; Kılıçsaymaz, Zekiye; Önal, Cansu; Ba, NdeyeA bile salt hydrolase (bsh) enzyme deconjugate taurine and glycine-linked bile salts. Because of the strong implications between deconjugation of tauro- or gluco-conjugated salts and its positive or negative health consequences, the characterization of the bsh enzymes is important. bshs from different lactobacilli species, even strains, exhibit higher variation in sequence, kinetic properties, and substrate specificity. In the present study four bsh related genes from Lactobacillus plantarum GD2 strain were cloned and expressed in Escherichia coli BLR (DE3) strain. Amino acid residues of recombinant bshs were analyzed and their deconjugation abilities were tested with six human conjugated bile salts. Results indicated that the genetic distance among four related bsh genes in Lb. plantarum is far from each other and bsh2-4 enzymes share significant sequence homology specifically with penicillin V acylase (PVA) family members. Biochemical and the in silico analysis suggest that the bsh1 enzyme is a member of the bsh family while bsh2-4 enzymes are members of the PVA family.Öğe Molecular cloning, expression and characterization of bile salt hydrolase from Lactobacillus rhamnosus E9 strain(Taylor & Francis Inc, 2017) Kaya, Yeşim; Kök, Mehmet Şamil; Öztürk, MehmetBile salt hydrolase (BSH) enzyme, commonly found in probiotic bacteria of gut origin, catalyzes the hydrolysis of glycine and/or taurine-conjugated bile salts allowing for colonization of the bacteria in the gut and contributing to a decrease in levels of cholesterol. However an excessive deconjugation of tauro-conjugated bile salts and production of secondary bile acid can have harmful side-effects. The aim of this study was to characterize the activity of BSH enzymes from Lactobacillus rhamnosus E9, a popular probiotic strain. The bsh gene was cloned, expressed, purified and characterized in Escherichia coli BLR(DE3) strain. The hydrolysis activities and substrate specificities of the recombinant BSH (rBSH) enzyme were examined using six different bile acids. Nucleotide sequence analysis results indicated that the bsh of E9 contained an open reading frame (ORF) of 1014 and nucleotides encoding a 338-amino acid protein with a molecular weight of 37 kDa. Five catalytically important amino acids and the amino acid motifs located around the active site were highly conserved. The rBSH showed a slight preference towards glycine-conjugated to tauro-conjugated bile salts. This confirms that it is a safe strain for probiotics and its preference for glycine-conjugated bile salts should be further investigated.Öğe Mutagenesis of tyrosine residues within helix VII in subunit I of the cytochrome cbb (3) oxidase from Rhodobacter capsulatus(Springer, 2011) Öztürk, Mehmet; Watmough, Nicholas J.The cbb (3)-type oxidases are members of the heme-copper oxidase superfamily, distant by sequence comparisons, but sharing common functional characteristics. The cbb (3) oxidases are missing an active-site tyrosine residue that is absolutely conserved in all A and B-type heme-copper oxidases. This tyrosine is known to play a critical role in the catalytic mechanisms of A and B-type oxidases. The absence of this tyrosine in the cbb (3) oxidases raises the possibility that the cbb (3) oxidases utilize a different catalytic mechanism from that of the other members of the superfamily, or have this conserved residue in different helices. Recently sequence comparisons indicate that, a tyrosine residues that might be analogous to the active-site tyrosine in other oxidases are present in the cbb (3) oxidases but these tyrosines originates from a different transmembrane helix within the protein. In this research, three conserved tyrosine residues, Y294, Y308 and Y318, in helix VII were substituted for phenylalanine. Y318F mutant in the Rhodobacter capsulatus oxidase resulted in a fully assembled enzyme with nativelike structure and activity, but Y294F mutant is not assembled and have a catalytic activity. On the other hand, Y308F mutant is fully assembled enzyme with nativelike structure, but lacking catalytic activity. This result indicates that Y308 should be crucial in catalytic activity of the cbb (3) oxidase of R. capsulatus. These findings support the assumption that all of the heme-copper oxidases utilize the same catalytic mechanism and provide a residue originates from different places within the primary sequence for different members of the same superfamily.Öğe P53, $beta$ -katenin ve NFkB genleri ile ilgili sinyal yolaklarının karaciğer kanserindeki yeri(2004) Öztürk, Mehmet; Öztürk, Nuri; Yildiz, Esra; Atalay, Çetin RengülProjenin konusu, primer karaciğer kanserleri arasında en sık görülen hepatoselüler kanserlerde (HSK) p53, wnt-p-katenin, ve NFkB sinyal yolaklarının durumu ve rolünü araştırmaktı. Proje kapsamında yayınlanan araştırma sonuçları şöyledir. (1) Karaciğer kanserinde p53 homologu p73 geninin TA-p73 ve DN-p73 olarak, ilki p53 gibi hücre çoğalmasını frenleyen, ikincisi bu etkiyeantagonist işlev gören iki farklı formda transkript sentezlediği gösterilmiştir. Normal karaciğerde DN-p73 formu sentezlenirken, karaciğer kanserlerinde her iki formun da sentezlendıği gözlenmiştir. Korrelasyon çalışmaları, kanser hücrelerinde TA-p73 formunun bulunmasının retinoblastoma yolağının inaktif hale gelmesi ile ilintili olduğunu işaret etmektedir. Bu yolağa I bağlı E2F faktörlerinin TA-p73 formu ifadesini tetiklediği tahmin edilmektedir. Benzer bir I şekilde beyin tümörlerinde de (gliyoma), TA-p73 formunun ifadesinin arttığı, buna karşılıknormal beyin hücrelerinde p73 geninin ifade edilmediği gözlenmiştir. (2) Diğer bir çalışmada, karaciğer kanserlerinde p53 mutasyonlarının beta-katenin proteininin birikmesine neden oldukları \" gösterilmiştir. Onkogen gibi davranan beta-kateninin p53 e bağlı olarak birikmesi, p53mutasyonlarının wnt-beta-katenin sinyalini tetikleyebileceği hipotezini doğurmaktadır. (3) Proje desteği ile ayrıca, hücre içi sinyal yolaklarını betimleme ve görüntülemede kullanılabilen PATİKA adlı bilişim programı geliştirilmiş, ayrıca p53 e karşı yeni monoklonal antikorlar tanımlanmıştır.
