Burdur ilinde Plum pox virus’un tespiti ve kısmi kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-7480-922Xen_US
dc.authorid0000-0002-3589-6041en_US
dc.authorid0000-0002-5836-8030en_US
dc.contributor.authorMorca, Ali Ferhan
dc.contributor.authorCoşkan, Sevgi
dc.contributor.authorÇelik, Ali
dc.date.accessioned2023-06-12T07:22:22Z
dc.date.available2023-06-12T07:22:22Z
dc.date.issued2021en_US
dc.departmentBAİBÜ, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümüen_US
dc.description.abstractPlum pox virus (PPV), sert çekirdekli meyvelerde önemli verim kayıplarına sebep olan Şarka hastalığının etmenidir. PPV, Türkiye’nin farklı bölgelerinde sınırlı olarak tespit edilmesine rağmen, bugüne kadar Burdur iline ait herhangi bir kayıt bulunmamaktadır. Bu çalışmada, 2016-2019 yılları arasında Burdur ilinde PPV’nin varlığının belirlenmesine yönelik serolojik ve moleküler yöntemler kullanılarak yapılan araştırmanın sonuçlarına yer verilmiştir. Sürveyler süresince toplanan 47 adet sert çekirdekli meyve yaprak örneği ilk olarak Double antibody sandwich enzyme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile analiz edilmiş ve 2 adet şeftali örneğinin PPV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Çalışmada, PPV’nin kılıf protein bölgesi için 767 nükleotid büyüklüğünde bir bölgeyi çoğaltan bir adet dejenere primer çifti tasarlanmıştır. Yeni primerler ile gerçekleştirilen Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) ve sekans analizleri sonucunda elde edilen diziler GenBank’a kaydedilmiştir. Yapılan BlastN analizi neticesinde Burdur PPV izolatları en yüksek benzerlik oranını (%99.86-%98.49), PPV-M ırkı ile göstermiştir. Neighbour-joining yöntemiyle yapılan filogenetik ağaçta Burdur izolatlarının, Türkiye ve farklı ülkelere ait PPV-M izolatı ile kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma ile elde edilen 2 adet PPV-M izolatı Akdeniz Bölgesi’nin PPV açısından ari alanı konumunda olan Burdur ilinde ilk kayıt niteliğindedir. Çalışma sonucunda enfekteli olduğu tespit edilen ağaçlar eradike edilerek 1 km çapında tampon bölge oluşturulmuş ve 3 yıl boyunca Prunus türlerinin yetiştiriciliğinin yasaklanmasına ve sürvey çalışmalarınnın devam edilmesine karar verilmiştir.en_US
dc.description.abstractPlum pox virus (PPV), the causal agent of Sharka disease, causes significant yield losses in stone fruits. Despite PPV occurrence as restricted in different regions of Turkey, there is no record of PPV yet in Burdur province. Hence, this study includes the results for determining the presence of PPV in Burdur province between 2016-2019 by serological and molecular methods. A total of 47 leaf samples collected during the surveys were first analyzed by Double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA), and only 2-peach samples were determined to be infected with PPV. A degenerate primer pair that amplifies a 767 bp product was designed for the partial coat protein region of PPV in this study. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed using designed primer pair, and novel isolates obtained by sequence analysis were deposited in the GenBank. As a result of the BlastN analysis, Burdur PPV isolates showed the highest similarity (99.86% -98.49%) with the PPV-M strain. The phylogenetic tree was generated by the Neighbor-Joining method, resulting in novel PPV-Burdur isolates were clustered with the PPV-M isolates belonging to Turkey and other countries. The novel two PPV-M isolates were the first records in the province of Burdur, the PPV-free area in the Mediterranean Region. As a result of this study, by eradicating infected trees, a one-kilometer diameter buffer zone was established. It has been decided to ban the replanting of Prunus species and continue the survey studies for three years.en_US
dc.identifier.citationMORCA, A. F., COŞKAN, S., & ÇELIK, A. (2021). Burdur ilinde Plum pox virus’ un tespiti ve kısmi Kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi, 24(4), 805-814.en_US
dc.identifier.doi10.18016/ksutarimdoga.vi.767409
dc.identifier.endpage814en_US
dc.identifier.issn2619-9149
dc.identifier.issue4en_US
dc.identifier.startpage805en_US
dc.identifier.trdizinid1115623en_US
dc.identifier.urihttp://dx.doi.org/10.18016/ksutarimdoga.vi.767409
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12491/11101
dc.identifier.volume24en_US
dc.identifier.wosWOS:000681023500014en_US
dc.identifier.wosqualityN/Aen_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.institutionauthorÇelik, Ali
dc.language.isotren_US
dc.publisherKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Rektörlüğüen_US
dc.relation.ispartofKSÜ Tarım ve Doğa Dergisi-KSU Journal Of Agriculture and Natureen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectFilogenetik Analizen_US
dc.subjectŞarka Hastalığıen_US
dc.subjectŞeftalien_US
dc.subjectPPV-Men_US
dc.subjectPhylogenetic Analysisen_US
dc.subjectSharka Diseaseen_US
dc.subjectPeachen_US
dc.titleBurdur ilinde Plum pox virus’un tespiti ve kısmi kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonuen_US
dc.title.alternativeDetermination of Plum pox virus and molecular characterization of partial coat protein gene in Burdur provinceen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
ali-ferhan-morca.pdf
Boyut:
522.5 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin/Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Bitki Koruma Bölümü Koleksiyonu
TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu