Burdur ilinde Plum pox virus’un tespiti ve kısmi kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2021
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Rektörlüğü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Plum pox virus (PPV), sert çekirdekli meyvelerde önemli verim
kayıplarına sebep olan Şarka hastalığının etmenidir. PPV,
Türkiye’nin farklı bölgelerinde sınırlı olarak tespit edilmesine
rağmen, bugüne kadar Burdur iline ait herhangi bir kayıt
bulunmamaktadır. Bu çalışmada, 2016-2019 yılları arasında Burdur
ilinde PPV’nin varlığının belirlenmesine yönelik serolojik ve
moleküler yöntemler kullanılarak yapılan araştırmanın sonuçlarına
yer verilmiştir. Sürveyler süresince toplanan 47 adet sert çekirdekli
meyve yaprak örneği ilk olarak Double antibody sandwich enzyme
linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) ile analiz edilmiş ve 2 adet
şeftali örneğinin PPV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. Çalışmada,
PPV’nin kılıf protein bölgesi için 767 nükleotid büyüklüğünde bir
bölgeyi çoğaltan bir adet dejenere primer çifti tasarlanmıştır. Yeni
primerler ile gerçekleştirilen Reverse transcription-polymerase chain
reaction (RT-PCR) ve sekans analizleri sonucunda elde edilen diziler
GenBank’a kaydedilmiştir. Yapılan BlastN analizi neticesinde
Burdur PPV izolatları en yüksek benzerlik oranını (%99.86-%98.49),
PPV-M ırkı ile göstermiştir. Neighbour-joining yöntemiyle yapılan
filogenetik ağaçta Burdur izolatlarının, Türkiye ve farklı ülkelere ait
PPV-M izolatı ile kümelendiği belirlenmiştir. Bu çalışma ile elde
edilen 2 adet PPV-M izolatı Akdeniz Bölgesi’nin PPV açısından ari
alanı konumunda olan Burdur ilinde ilk kayıt niteliğindedir. Çalışma
sonucunda enfekteli olduğu tespit edilen ağaçlar eradike edilerek 1
km çapında tampon bölge oluşturulmuş ve 3 yıl boyunca Prunus
türlerinin yetiştiriciliğinin yasaklanmasına ve sürvey çalışmalarınnın
devam edilmesine karar verilmiştir.
Plum pox virus (PPV), the causal agent of Sharka disease, causes significant yield losses in stone fruits. Despite PPV occurrence as restricted in different regions of Turkey, there is no record of PPV yet in Burdur province. Hence, this study includes the results for determining the presence of PPV in Burdur province between 2016-2019 by serological and molecular methods. A total of 47 leaf samples collected during the surveys were first analyzed by Double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA), and only 2-peach samples were determined to be infected with PPV. A degenerate primer pair that amplifies a 767 bp product was designed for the partial coat protein region of PPV in this study. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed using designed primer pair, and novel isolates obtained by sequence analysis were deposited in the GenBank. As a result of the BlastN analysis, Burdur PPV isolates showed the highest similarity (99.86% -98.49%) with the PPV-M strain. The phylogenetic tree was generated by the Neighbor-Joining method, resulting in novel PPV-Burdur isolates were clustered with the PPV-M isolates belonging to Turkey and other countries. The novel two PPV-M isolates were the first records in the province of Burdur, the PPV-free area in the Mediterranean Region. As a result of this study, by eradicating infected trees, a one-kilometer diameter buffer zone was established. It has been decided to ban the replanting of Prunus species and continue the survey studies for three years.
Plum pox virus (PPV), the causal agent of Sharka disease, causes significant yield losses in stone fruits. Despite PPV occurrence as restricted in different regions of Turkey, there is no record of PPV yet in Burdur province. Hence, this study includes the results for determining the presence of PPV in Burdur province between 2016-2019 by serological and molecular methods. A total of 47 leaf samples collected during the surveys were first analyzed by Double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA), and only 2-peach samples were determined to be infected with PPV. A degenerate primer pair that amplifies a 767 bp product was designed for the partial coat protein region of PPV in this study. Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed using designed primer pair, and novel isolates obtained by sequence analysis were deposited in the GenBank. As a result of the BlastN analysis, Burdur PPV isolates showed the highest similarity (99.86% -98.49%) with the PPV-M strain. The phylogenetic tree was generated by the Neighbor-Joining method, resulting in novel PPV-Burdur isolates were clustered with the PPV-M isolates belonging to Turkey and other countries. The novel two PPV-M isolates were the first records in the province of Burdur, the PPV-free area in the Mediterranean Region. As a result of this study, by eradicating infected trees, a one-kilometer diameter buffer zone was established. It has been decided to ban the replanting of Prunus species and continue the survey studies for three years.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Filogenetik Analiz, Şarka Hastalığı, Şeftali, PPV-M, Phylogenetic Analysis, Sharka Disease, Peach
Kaynak
KSÜ Tarım ve Doğa Dergisi-KSU Journal Of Agriculture and Nature
WoS Q Değeri
N/A
Scopus Q Değeri
Cilt
24
Sayı
4
Künye
MORCA, A. F., COŞKAN, S., & ÇELIK, A. (2021). Burdur ilinde Plum pox virus’ un tespiti ve kısmi Kılıf protein geninin moleküler karakterizasyonu. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Tarım ve Doğa Dergisi, 24(4), 805-814.
