Meta analysis of RNA-Seq data for sugar beet (Beta vulgaris L.) under certain biotic and abiotic stresses

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorGürel, Songül
dc.contributor.advisorÜnlü, Ercan Selçuk
dc.contributor.authorBulut, Burak
dc.date.accessioned2024-09-27T21:17:41Z
dc.date.available2024-09-27T21:17:41Z
dc.date.issued2022
dc.departmentBAİBÜ, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalıen_US
dc.descriptionLisansüstü Eğitim Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalıen_US
dc.description.abstractŞeker pancarı (Beta vulgaris) dünya şeker üretiminin %30'unu karşılamaktadır. Üretim alanlarındaki toprak kirliliği, biyotik ve abiyotik faktörler, ürün miktarını ve kalitesini büyük ölçüde düşürür. Bu stres koşulları kuraklık, tuz, ısı, ışık, nematod, bakteri ve mantar enfeksiyonlarıdır. Şeker pancarı, biyotik ve abiyotik streslere farklı tepkiler verir. Beta vulgaris'in strese tepkisini moleküler düzeyde anlamak, mahsulde hem verimi hem de kaliteyi artırmaya yardımcı olabilir. Stres koşulları altında yapılan transkriptom çalışmaları, bitkilerin moleküler düzeydeki tepkilerine ışık tutabilir. Bu çalışmada dört farklı stres durumu verisi kullanılmıştır. Bunlardan ikisi biyotik stresler (nematod ve mantar enfeksiyonu), ikisi abiyotik streslerdir (ABA tedavisi ve tuz stresi). Meta-analiz, farklı stres koşulları altında ortak tepkiler bulmaya yardımcı olabilir. Bu çalışmada, biyotik ve abiyotik stres koşulları altında yürütülen çalışmaların meta-analizini gerçekleştirdik ve hem biyotik hem de abiyotik stres koşullarında farklı şekilde ifade edilen on geni ortaya çıkardık. Biyotik streslerin 460 ortak geni ve abiyotik streslerin 1031 stresle ilgili geni vardır. Fenofitinazın aşağı regülasyonu ve mannitol dehidrojenazın yukarı regülasyonu, artan fotosentez hızının göstergesi olabilir. Bununla birlikte, genlerin tanımlanması ve B. vulgaris stres yanıtının tüm mekanizmasının anlaşılması için daha ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.en_US
dc.description.abstractSugar beet (Beta vulgaris) meets the 30% of world sugar production. Soil pollution, biotic and abiotic factors in production areas greatly reduce product quantity and quality. Such stress conditions are drought, salt, heat, light, nematod bacteria and fungi infections. Sugar beet differently responds to biotic and abiotic stresses. Understanding Beta vulgaris response to stress at the molecular level can help both in increasing the yield and quality in crop. Transcriptome studies performed under stress conditions can shed light on the responses of plants at the molecular level. In this study four different stress condition data has been used. Two of them are biotic stresses (nematode and fungi infection), two of them are abiotic stresses (ABA treatment and salt stress). Meta-analysis can help to find common responses under different stress conditions. In this study, we performed meta-analysis of studies conducted under biotic and abiotic stress conditions and revealed ten genes that differentially expressed under both biotic and abiotic stress conditions. Biotic stresses have 460 common genes and abiotic stresses have 1031 stress related genes. Downregulation of phenophytinase and upregulation of mannitol dehydrogenase may indicate the increasing photosynthesis rate. Nevertheless, further studies are necessary for identification of genes and understand the whole mechanism of B. vulgaris stress response.en_US
dc.identifier.endpage63en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=5XiSE4yCP_gmnukpMEp65ZO8UIrlcsepwKO2sjP2XNkALZ3dUVGvrch1EVfN7O7a
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12491/16738
dc.identifier.yoktezid719915en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectBiyolojien_US
dc.subjectBiologyen_US
dc.titleMeta analysis of RNA-Seq data for sugar beet (Beta vulgaris L.) under certain biotic and abiotic stressesen_US
dc.title.alternativeBelirli biyotik ve abiyotik streslerle ilişkili şeker pancarı (Beta vulgaris L.) RNA-Seq verilerinin meta analizien_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Koleksiyon

Lisansüstü Eğitim Enstitüsü Tez Koleksiyonu