Identification of enterococci by MALDI-TOF-MS & 16S rRNA sequencing isolated from squeezed cheeses and evaluation of antibiotic susceptibility and antibacterial activity

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0003-2924-5434
dc.authorid0000-0001-6599-1309
dc.authorid0000-0002-4193-1990
dc.authorid0000-0001-7775-1871
dc.authorscopusid57216562052
dc.authorscopusid57211913740
dc.authorscopusid23476701000
dc.authorscopusid57214411877
dc.contributor.authorAydın, Furkan
dc.contributor.authorKahve, Halil İbrahim
dc.contributor.authorArdıç, Mustafa
dc.contributor.authorÇakır, İbrahim
dc.date.accessioned2024-09-25T19:43:04Z
dc.date.available2024-09-25T19:43:04Z
dc.date.issued2020
dc.departmentBAİBÜ, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği Bölümüen_US
dc.description.abstractObjective: This study aims to identify enterococci isolated from squeezed cheeses by MALDI-TOF-MS and 16S rRNA sequence analysis and to evaluate antibiotic resistance and antibacterial effects of these isolates against some food pathogens. Methods: Identification of 84 Enterococcus isolates obtained from squeezed cheese was carried out using MALDI-TOF-MS and 16S rRNA gene sequencing. The isolates were tested for resistance to 14 different antibiotics by the disc diffusion method. The antimicrobial effects of isolates against various food pathogens were determined by the agar spot test. SPSS 22.0.0 software (SPSS Inc., Chicago, USA) was used for the assessment of the correlation between variance analysis (ANOVA, F test) and antibacterial results. Results: As a result of sequence analysis; 33 (39.3%) were described to E. faecalis, 29 (34.5%) to E. faecium, 14 (16.7%) to E. durans, 4 (4.8%) to E. gallinarum, 3 (3.5%) to E. casselifavus and 1 (1.2%) to E. thailandicus. Eighty-one isolates gave the same identification result as the MALDI-TOF-MS method (96.43%). The difference between two identification methods has not been found to be statistically significant (p>0.05); however, MALDI-TOF-MS has some advantages over 16S rRNA sequencing, such as being less labor-intensive, more economical and faster. In total, 83.3% of the strains exhibited multidrug-resistant phenotypes. A high incidence of resistance was detected for nalidixic acid, oxacillin, and streptomycin. E. faecalis isolates were found to show lower sensitivity to antibiotics tested than E. faecium (p <0.05). The anti-listerial effect of E. faecalis was determined among all enterococcal isolates (p <0.05). Along with this, a strong correlation was found between L. innocua and L. monocytogenes inhibition. The results of antibacterial activity revealed that enterococci are more effective for the inhibition of Gram-positive food pathogens. Conclusion: The correlation between the results from the two identification methods showed that MALDI-TOF-MS is a fast, economical, robust, and reliable method for the characterization of enterococci. When the results were examined in terms of food safety, it was observed that squeezed cheese produced from raw milk without using starter culture was reservoirs of Enterecoccus spp. with multiple antibiotic resistance. Enterococci, which does not carry multiple antibiotic resistance, can be used in starter culture combinations and in hurdle technology to prevent the growth of Grampositive food pathogens; however, to this end, virulence determinants must be determined to achieve these goals. © 2020. ENTEROCOCCI IN SQUEEZED CHEESE. All rights reserved.en_US
dc.description.abstractAmaç: Bu çalışmanın amacı, sıkma peynirlerden izole edilen enterokokların MALDI-TOF-MS ve 16S rRNA sekans analizleri kullanılarak tanımlanması ve bu izolatların antibiyotik dirençleri ile bazı gıda patojenlerine karşı antibakteriyel etkilerinin değerlendirilmesidir. Yöntem: Sıkma peynirlerden elde edilen 84 Enterococcus izolatının MALDI-TOF-MS yöntemi ile tanımlanması yapılmış ve 16S rRNA bölgeleri çoğaltılarak sekanslanmıştır. İzolatların 14 farklı antibiyotiğe karşı dirençlikleri disk difüzyon yöntemiyle incelenmiştir. Ayrıca izolatların çeşitli gıda patojenlerine karşı gösterdikleri antibakteriyel etkileri agar spot testi ile belirlenmiştir. İstatistiksel değerlendirme için varyans analizi (ANOVA, F testi) ve antibakteriyel sonuçlar arasındaki korelasyonun tespiti için SPSS 22.0.0 yazılımı (SPSS Inc., Chicago, ABD) kullanılmışır. Bulgular: Seksen-dört izolat 16S rRNA sekans analizi sonucunda; 33 (%39.3) E. faecalis, 29 (%34.5) E. faecium, 14 (%16.7) E. durans, 4 (%4.8) E. gallinarum, 3 (%3.5) E. casseliflavus ve 1 (%1.2) E. thailandicus olarak tanımlanmıştır. Seksen bir izolat MALDI-TOF-MS yöntemi ile aynı tanımlama sonucunu vermiştir (%96.43). İzolatların tanımlanmasında kullanılan iki tanımlama yönteminin arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır (p>0.05). Ancak MALDI-TOF-MS yönteminin daha az iş gücü gerektirmesi, ekonomik ve hızlı olması gibi bazı avantajlarının olduğu görülmüştür. İzolatların %83.3’ünün çoklu antibiyotik direnci taşıdığı tespit edilmiştir. İzolatların nalidiksik asit, oksasilin ve streptomisine karşı dirençliklerinin yüksek olduğu saptanmıştır. E. faecalis suşlarının kullanılan antibiyotiklere karşı E. faecium’dan daha düşük duyarlılık gösterdiği bulunmuştur (p<0.05). Tüm enterokok izolatları içerisinde E. faecalis’in anti-listerial etkisi belirlenmiştir (p<0.05). Bununla birlikte, L. innocua ve L. monocytogenes inhibisyonu arasında güçlü bir korelasyon saptanmıştır. Antibakteriyel aktivitenin sonuçları incelendiğinde, izolatların gıda patojeni olan Gram-pozitif bakterilere karşı inhibasyon etkilerinin daha yüksek olduğu görülmüştür. Sonuç: İki tanımlama yönteminden elde edilen sonuçlar arasındaki korelasyon MALDI-TOF-MS’nin enterokokların karakterizasyonu için hızlı, ekonomik, sağlam ve güvenilir bir yöntem olduğunu göstermiştir. Sonuçlar gıda güvenliği açısından incelendiğinde, starter kültür kullanılmadan direkt olarak çiğ sütten üretilen sıkma peynirlerin çoklu antibiyotik direnci taşıyan enterokok rezervuarları olduğu görülmüştür. Çoklu antibiyotik direnci taşımayan enterokoklar, peynir üretim teknolojisindeki başlangıç kültürü kombinasyonlarında, engel teknolojileri bağlamında ise Gram-pozitif gıda patojenlerinin gelişmesini engellemek için kullanılabilir, ancak bu amaca ulaşabilmek için virülans determinantlarının belirlenmesi gerekmektedir.
dc.description.sponsorshipAksaray Üniversitesi, (2018-066)en_US
dc.identifier.doi10.5505/TurkHijyen.2020.92332
dc.identifier.endpage412en_US
dc.identifier.issn0377-9777
dc.identifier.issue4en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-85101593156en_US
dc.identifier.scopusqualityQ4en_US
dc.identifier.startpage399en_US
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.5505/TurkHijyen.2020.92332
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12491/12402
dc.identifier.volume77en_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.institutionauthorÇakır, İbrahim
dc.institutionauthorid0000-0001-7775-1871
dc.language.isoenen_US
dc.publisherRefik Saydam National Public Health Agency (RSNPHA)en_US
dc.relation.ispartofTürk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisien_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.snmzYK_20240925en_US
dc.subjectAntibiotic Resistanceen_US
dc.subjectEnterococcusen_US
dc.subjectFooden_US
dc.subjectMALDIen_US
dc.subjectSequencingen_US
dc.subjectGıda
dc.subjectSekanslama
dc.subjectAntibiyotik Direnci
dc.titleIdentification of enterococci by MALDI-TOF-MS & 16S rRNA sequencing isolated from squeezed cheeses and evaluation of antibiotic susceptibility and antibacterial activityen_US
dc.title.alternativeSıkma peynirlerden izole edilen enterokokların MALDI-TOF-MS ve 16S rRNA sekanslama ile tanımlanması ve antibiyotik dirençlilikleri ile antibakteriyal aktivitelerinin değerlendirilmesien_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
furkan-aydin.pdf
Boyut:
495.96 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir

Koleksiyon

Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Gıda Mühendisliği Bölümü Koleksiyonu