Molecular phylogeny and divergence times estimates of Lilium section Liriotypus (Liliaceae) based on plastid and nuclear ribosomal ITS DNA sequence data

Basit Öğe Kaydı
dc.authorid0000-0002-6435-5869
dc.contributor.authorİkinci, Nursel
dc.date.accessioned2021-06-23T18:40:13Z
dc.date.available2021-06-23T18:40:13Z
dc.date.issued2011
dc.departmentBAİBÜ, Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümüen_US
dc.description.abstractIn the present study the phylogeny and the biogeography of the genus Lilium L. section Liriotypus Asch. et Graebn. were investigated and divergence times for the section Liriotypus were calculated. h e study group covers Lilium species from Europe, the Italian and Balkan peninsulas, Anatolia, and the Caucasus. Plastid DNA sequence data (the trnC-petN intergenic spacer and petN gene) and nuclear DNA ITS sequence data were used to infer the phylogenetic history of the section Liriotypus. Molecular phylogenetic dating using the molecular clock hypothesis with sequences of nrDNA ITS region was used to calculate the time of diversii cation within the section Liriotypus and with other members of the genus Lilium. h e phylogenetic reconstruction based on combined analysis of plastid and nrDNA ITS sequence data shows that all of the analysed species of section Liriotypus form a well-supported monophyletic clade. However, there are some incongruences between the analysis made by plastid DNA alone and with a combined dataset regarding the positions of L. monadelphum M.Bieb., L. szovitsianum Fisch. & Avé-Lall., L. ciliatum P.H.Davis, and L. akkusianum R. Gämperle. Our molecular dating analysis based on nrDNA ITS sequence data showed that members of the section Liriotypus were separated from the rest of the genus Lilium approximately 9 million years ago and within this section, speciation increased in the last 6 million years.en_US
dc.description.abstractBu çalışmada Lilium cinsi L. Liriotypus Asch. et Graebn. seksiyonunun filogenetiği ve biyocoğrafyası araştırılmış ve Liriotypus seksiyonu için ayrışma tarihleri hesaplanmıştır. Çalışma grubu Avrupa, İtalya ve Balkan yarımadaları, Anadolu ve Kak as Lilium türlerinden oluşmaktadır. Liriotypus seksiyonunun filogenetik geçmişini ortaya çıkarmak için plastid DNA dizi verisi (trnC-petN intergenic spacer ve petN geni) ve çekirdek DNA’sı ITS (Internal transcribed spacer) dizi verileri kullanılmıştır. Liriotypus seksiyonu içerisindeki türlerin birbirlerinden ve diğer Lilium türlerinden ayrışma tarihleri çekirdek DNA’sı ITS bölgesi kullanılarak moleküler saat hipotezi gözönünde bulundurularak moleküler filogenik tarihleme ile hesaplanmıştır. Plastid ve çekirdek DNA dizilerinin birleştirilmesi sonucu yapılan filogenetik analiz incelenen Liriotypus seksiyonu türlerinin güçlü bir destekle monoi letik bir grup oluşturduklarını göstermiştir. Ancak, plastid DNA’sı ile birleştirilmiş verilerden yola çıkılarak yapılan analizler L. monadelphum M.Bieb., L. szovitsianum Fisch. & Avé-Lall., L. ciliatum P.H.Davis ve L. akkusianum R. Gämperle türlerinin pozisyonu konusunda farklı sonuçlar vermiştir. Çekirdek DNA’sı ITS dizi verisine dayalı moleküler tarihleme analizi Liriotypus seksiyonu üyelerinin Lilium cinsinin diğer türlerinden yaklaşık dokuz milyon yıl önce ayrıldığını ve bu seksiyon içinde türleşmenin son altı milyon yıl içinde arttığını göstermiştir.en_US
dc.identifier.endpage330en_US
dc.identifier.issn1300-008X
dc.identifier.issn1303-6106
dc.identifier.issue4en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-78549293999en_US
dc.identifier.scopusqualityQ2en_US
dc.identifier.startpage319en_US
dc.identifier.trdizinid116383en_US
dc.identifier.urihttps://app.trdizin.gov.tr/makale/TVRFMk16Z3pNdz09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/20.500.12491/3019
dc.identifier.volume35en_US
dc.identifier.wosWOS:000292901400001en_US
dc.identifier.wosqualityQ2en_US
dc.indekslendigikaynakWeb of Scienceen_US
dc.indekslendigikaynakScopusen_US
dc.indekslendigikaynakTR-Dizinen_US
dc.institutionauthorİkinci, Nursel
dc.language.isoenen_US
dc.relation.ispartofTurkish Journal of Botanyen_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Uluslararası Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectLiliumen_US
dc.subjectLiriotypus
dc.subjectLiliaceae
dc.subjectPhylogeny
dc.subjectPlastid DNA
dc.subjectITS Ribosomal DNA
dc.subjectLilium
dc.subjectLiriotypus
dc.subjectLiliaceae
dc.subjectFilogenetik
dc.subjectPlastid DNA
dc.subjectITS Ribozomal DNA
dc.titleMolecular phylogeny and divergence times estimates of Lilium section Liriotypus (Liliaceae) based on plastid and nuclear ribosomal ITS DNA sequence dataen_US
dc.title.alternativeLilium cinsi Liriotypus seksiyonunun (Liliaceae) plastid ve çekirdek ribozomal DNA ITS dizi verilerine dayalı moleküler filogenetiği ve ayrışma tarihlerinin hesaplanmasıen_US
dc.typeArticleen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
nursel-ikinci-3019.pdf
Boyut:
230.86 KB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam metin/Full text
İndir

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
Biyoloji Bölümü Koleksiyonu
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu