Molecular phylogeny and divergence times estimates of Lilium section Liriotypus (Liliaceae) based on plastid and nuclear ribosomal ITS DNA sequence data
Yükleniyor...
Tarih
2011
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
In the present study the phylogeny and the biogeography of the genus Lilium L. section Liriotypus Asch. et Graebn. were investigated and divergence times for the section Liriotypus were calculated. h e study group covers Lilium species from Europe, the Italian and Balkan peninsulas, Anatolia, and the Caucasus. Plastid DNA sequence data (the trnC-petN intergenic spacer and petN gene) and nuclear DNA ITS sequence data were used to infer the phylogenetic history of the section Liriotypus. Molecular phylogenetic dating using the molecular clock hypothesis with sequences of nrDNA ITS region was used to calculate the time of diversii cation within the section Liriotypus and with other members of the genus Lilium. h e phylogenetic reconstruction based on combined analysis of plastid and nrDNA ITS sequence data shows that all of the analysed species of section Liriotypus form a well-supported monophyletic clade. However, there are some incongruences between the analysis made by plastid DNA alone and with a combined dataset regarding the positions of L. monadelphum M.Bieb., L. szovitsianum Fisch. & Avé-Lall., L. ciliatum P.H.Davis, and L. akkusianum R. Gämperle. Our molecular dating analysis based on nrDNA ITS sequence data showed that members of the section Liriotypus were separated from the rest of the genus Lilium approximately 9 million years ago and within this section, speciation increased in the last 6 million years.
Bu çalışmada Lilium cinsi L. Liriotypus Asch. et Graebn. seksiyonunun filogenetiği ve biyocoğrafyası araştırılmış ve Liriotypus seksiyonu için ayrışma tarihleri hesaplanmıştır. Çalışma grubu Avrupa, İtalya ve Balkan yarımadaları, Anadolu ve Kak as Lilium türlerinden oluşmaktadır. Liriotypus seksiyonunun filogenetik geçmişini ortaya çıkarmak için plastid DNA dizi verisi (trnC-petN intergenic spacer ve petN geni) ve çekirdek DNA’sı ITS (Internal transcribed spacer) dizi verileri kullanılmıştır. Liriotypus seksiyonu içerisindeki türlerin birbirlerinden ve diğer Lilium türlerinden ayrışma tarihleri çekirdek DNA’sı ITS bölgesi kullanılarak moleküler saat hipotezi gözönünde bulundurularak moleküler filogenik tarihleme ile hesaplanmıştır. Plastid ve çekirdek DNA dizilerinin birleştirilmesi sonucu yapılan filogenetik analiz incelenen Liriotypus seksiyonu türlerinin güçlü bir destekle monoi letik bir grup oluşturduklarını göstermiştir. Ancak, plastid DNA’sı ile birleştirilmiş verilerden yola çıkılarak yapılan analizler L. monadelphum M.Bieb., L. szovitsianum Fisch. & Avé-Lall., L. ciliatum P.H.Davis ve L. akkusianum R. Gämperle türlerinin pozisyonu konusunda farklı sonuçlar vermiştir. Çekirdek DNA’sı ITS dizi verisine dayalı moleküler tarihleme analizi Liriotypus seksiyonu üyelerinin Lilium cinsinin diğer türlerinden yaklaşık dokuz milyon yıl önce ayrıldığını ve bu seksiyon içinde türleşmenin son altı milyon yıl içinde arttığını göstermiştir.
Bu çalışmada Lilium cinsi L. Liriotypus Asch. et Graebn. seksiyonunun filogenetiği ve biyocoğrafyası araştırılmış ve Liriotypus seksiyonu için ayrışma tarihleri hesaplanmıştır. Çalışma grubu Avrupa, İtalya ve Balkan yarımadaları, Anadolu ve Kak as Lilium türlerinden oluşmaktadır. Liriotypus seksiyonunun filogenetik geçmişini ortaya çıkarmak için plastid DNA dizi verisi (trnC-petN intergenic spacer ve petN geni) ve çekirdek DNA’sı ITS (Internal transcribed spacer) dizi verileri kullanılmıştır. Liriotypus seksiyonu içerisindeki türlerin birbirlerinden ve diğer Lilium türlerinden ayrışma tarihleri çekirdek DNA’sı ITS bölgesi kullanılarak moleküler saat hipotezi gözönünde bulundurularak moleküler filogenik tarihleme ile hesaplanmıştır. Plastid ve çekirdek DNA dizilerinin birleştirilmesi sonucu yapılan filogenetik analiz incelenen Liriotypus seksiyonu türlerinin güçlü bir destekle monoi letik bir grup oluşturduklarını göstermiştir. Ancak, plastid DNA’sı ile birleştirilmiş verilerden yola çıkılarak yapılan analizler L. monadelphum M.Bieb., L. szovitsianum Fisch. & Avé-Lall., L. ciliatum P.H.Davis ve L. akkusianum R. Gämperle türlerinin pozisyonu konusunda farklı sonuçlar vermiştir. Çekirdek DNA’sı ITS dizi verisine dayalı moleküler tarihleme analizi Liriotypus seksiyonu üyelerinin Lilium cinsinin diğer türlerinden yaklaşık dokuz milyon yıl önce ayrıldığını ve bu seksiyon içinde türleşmenin son altı milyon yıl içinde arttığını göstermiştir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Lilium, Liriotypus, Liliaceae, Phylogeny, Plastid DNA, ITS Ribosomal DNA, Lilium, Liriotypus, Liliaceae, Filogenetik, Plastid DNA, ITS Ribozomal DNA
Kaynak
Turkish Journal of Botany
WoS Q Değeri
Q2
Scopus Q Değeri
Q2
Cilt
35
Sayı
4
