Gıda Kaynaklı Patojen Bakterilere Etkili Bakteriyofajların Sınıflandırılması ve Karakterizasyonu

Gıda kaynaklı hastalıklar, gelişen tanı-tedavi yöntemleri ve alınan önlemlere rağmen günümüzde hala en önemli sağlık sorunlarının başında gelmektedir. Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhimurium ve Escherichia coli O157:H7 hem hammaddede hem de işlenmiş gıda ürünlerinde sorun yaratan patojenlerdendir. Gıda kaynaklı bu patojenler pek çok ciddi rahatsızlığa sebep olmaktadır. Bazı suşlarının antibiyotik direnci de göstermesi bu bakterilerin eliminasyonu için alternatif yolların aranmasını gerekli kılmıştır. Bakterileri spesifik olarak enfekte eden bakteriyofajların kullanıldığı faj terapi, son yıllarda oldukça öne çıkan bir alternatif yöntem halini almıştır. Fajlar, konakçı bakterileri ile karşılaştıklarında onların metabolizmasını ele geçirerek kendi kopyalarını oluşturmakta ve aynı zamanda bakterinin ölümüne yol açmaktadır. Bu nedenle bakteri eliminasyonu için çok güçlü doğal ajanlar olarak görülmektedirler. Salmonella ve E. coli?ye etkili fajlar, insan sağlığı ve gıda güvenliği dikkate alındığında farklı amaçlar için kullanılabilmektedir. Bu amaçlardan biri, fajların söz konusu patojenlerin neden olduğu hastalıkların tedavisinde antibiyotik yerine kullanılmasıdır. Diğer amaçlar ise gıda güvenliğini sağlamak için ilgili gıdanın yüzeyinin fajlar ile muamele edilmesi ya da kimyasal dezenfektanlar yerine yüzey dezenfeksiyonunda fajların kullanılması şeklindedir. Uygulama alanları gittikçe yaygınlaşan faj terapinin, daha etkin, daha kapsamlı ve verimli bir şekilde hayata geçirilebilmesi için kullanılacak fajların özelliklerinin iyi bir şekilde ortaya konması, sınıflandırma ve karakterizasyonunun yapılması büyük önem taşımaktadır. Bu proje kapsamında, doğal kaynaklardan izole edilmiş olan S. Enteritidis, S. Typhimurium ve E. coli O157:H7 fajlarının konakçı özgüllükleri ile RFLP analizleri göz önünde bulundurularak sınıflandırılmaları, toksik gen bölgesi içerip içermediğinin kontrol edilmesi ve replikasyon parametrelerinin belirlenerek karakterize edilmeleri amaçlanmıştır. Bu amaçla, zenginleştirme, stok yenileme ve titre belirleme aşamasından geçerek titresi DNA izolasyonuna uygun seviyeye getirilecek fajların konakçı spektrumları belirlenmiş ve TEM görüntüleri alınmıştır. Daha sonra bu fajların DNA?ları izole edilmiş ve sınıflandırma çalışmalarında temel oluşturan RFLP analizleri yapılmıştır. Enzim kesimleri sonucunda oluşan fragmentler ile fajların birbirinden farklılıkları ortaya konmuştur. Bunu takiben fajların genotoksisiteleri kontrol edilmiştir. Ayrıca fajların gelişme eğrileri çıkarılarak latent dönem süresi ile patlama büyüklükleri hesaplanmış, daha sonra adsorpsiyon hızları belirlenmiş, böylece replikasyon parametreleri ortaya konmuştur. Son olarak, konakçı spektrumu ve RFLP sonuçlarına göre faj miksleri hazırlanarak bakteri eliminasyon etkinliği saptanmış ve hem insan/hayvan denemelerinde kullanılacak, hem de gıda güvenliği için prosesin herhangi bir aşamasında uygulanacak gıda ürünlerinde kullanıma uygun, özellikleri belirli bir faj koleksiyonu oluşturulmuştur. Böylece ülkemizde faj terapi konusunda bilimsel ve pratik uygulama açısından göze çarpan eksikliğin giderilmesi için bir adım atılmıştır.