Caulerpa racemosa (Terörist Yosun) Tu?ru?ne Ait Alternatif Oksidazların Tanımlanması ve Karakterizasyonu
Küçük Resim Yok
Tarih
2017
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Alternatif oksidazlar bitkilerde, funguslarda ve alglerde tanımlanmıstır. AOX proteinlerinin islevi elektron transport zinciri boyunca elektron akısı ve mitokondriyal retrograd sinyal yolagı için tanımlanmıstır. AOX proteinlerinin görevleri eseyli ve eseysiz u?reme, biyotik ve abiyotik stres çesitlerine karsı direnç mekanizmalarında yer alır. Caulerpa cylindracea istilacı bir deniz algidir. Istilanın etkileri Akdeniz?den Ege kıyılarına kadar gözlenmistir. C. cylindracea tu?ru? diger tu?rlere göre soguk, açlık, patojen saldırısı gibi stres kosullarına karsı gösterdikleri direnç ve u?reme kapasiteleri ile u?stu?nlu?k saglamaktadır. Ek olarak C. cylindracea çözu?nmu?s oksijen seviyesini azaltarak, zemin kimyasal özelliklerini degistirerek ve de ikincil metabolit u?retim yoluyla zararlı etkilere sebep olmaktadır. C. cylindracea?nın nis u?zerinde avantajlarını ve alternatif oksidaz proteinlerinin tanımlanmıs islevsel rollerini karsılastırdıgımızda, AOX proteinlerinin C. cylindracea?da bu avantajlı özellikleri gelistirmelerinde etkili oldukları muhtemeldir. Bununla birlikte, önceki arastırmalar genellikle fenotipik yaklasımları kullanarak tu?rlerin karakterizasyonu u?zerine odaklanmıstır. Tu?ru?n stres direnci ve istilacı özelliklerine katkı saglayan biyokimyasal ve moleku?ler mekanizmalar hakkında sınırlı veri bulunmaktadır. Bu projenin amacı, C. cylindracea tu?ru?ne ait alternatif oksidazları tanımlamak ve karakterize etmektir. Bu dogrultuda Seferihisar / Izmir'den örnekler toplandı ve transkriptom analizi gerçeklestirildi. Birlestirilmis RNA-Seq verilerinden 47400 transkript tanımlanmıstır. Ayrıntılı biyoinformatik analiz sonucunda mitokondriyal alternatif oksidaz proteinlerini kodlayan iki gen tanımlanmıstır. S. cerevisiae içinde AOX proteinlerinin ekspresyonu, AOX gen dizilerinde S. cerevisiae genomu için nadir bulunan kodonların varlıgından dolayı basarılı olmamıstır. Ayrıca, iki proteinin yapısal organizasyonu biyoinformatik yöntemlerle incelenmistir. Proteinlerin her ikisi de karakteristik demir baglama alanlarını tasımakta ve tersiyer yapıları diger bitki AOX proteinleri için tarif edildigi gibi karakteristik heliks organizasyonunu göstermektedir.
Açıklama
01.01.2017
Anahtar Kelimeler
Transkriptom analizi, Alternatif oksidazlar, Terörist yosun, Caulerpa cylindracea
