Yazar "Ünüvar, Ömer Can" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 8 / 8
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Bacteria isolated from Triticum monococcum ssp. monococcum roots can improve wheat hologenome in agriculture(Springer, 2022) Ünüvar, Ömer Can; Zencirci, Nusret; Ünlü, Ercan SelçukBackground Triticum monococcum ssp. monococcum is an ancestral wheat species originated from Karacadag Mountain of Turkey more than ten thousand years ago. Because of environmental and anthropogenic effects, food supply and demand are not balanced. Agricultural activities such as breeding, and fertilization are important to sustain the balance. Conventional breeding and fertilization applications usually neglect contribution of plant related hologenomes in agricultural yield. The disruption of plant growth promoting microorganisms results in intensive usage of chemical fertilizers. The harmony between plant and plant-associated microorganisms is important for sustainability. In this study, isolation, biochemical characterization, and impact on plant growth parameters of natural bacteria associated with Triticum monococcum ssp. monococcum hologenome were aimed. Methods and results The collection of root samples and isolations of the root-associated bacterial species were carried out from local wheat lands. According to interpretation of three identification methods (MALDI-TOF, 16S rDNA, 16S-23S rDNA) eight isolates are Arthrobacter spp. ESU164, Arthrobacter spp. ESU193, Pseudomonas spp. ESU131, Pseudomonas spp. ESU141, Pseudomonas poae strain ESU182, Pseudomonas thivervalensis strain ESU192, Pseudomonas spp. ESU1531, Bacillus subtilis strain ESU181. For each isolate we investigated biochemical properties especially nitrogen fixation, phosphate solubilization, and indole-3-acetic acid production abilities. The results show that all isolates are nitrogen fixers and the best phosphate solubilizer have been reported as Pseudomonas spp. ESU131 with 2.805 +/- 0.439. Conclusions All isolates are indole-3-acetic acid productors. 2 isolates affected the coleoptile lengths, 7 bacterial isolates showed statistically positive effect on root number, and 5 isolates promote the root lengths and the root fresh weights.Öğe From Hologenomes to Biofertilizers in Wheat Production(Springer International Publishing, 2022) Ünüvar, Ömer Can; Ünlü, Ercan SelçukBiofertilizers are defined as the liquid or solid mixtures containing living microorganism(s) specifically produced to promote plant growth and increase crop yield in agricultural practices. They are one of the most promising alternatives for maintaining a sustainable environment in agriculture. Several studies show the benefits of microorganism(s) in crop yield. The concept is directly related with the hologenome assembly of the plants. Usage of chemical fertilizers not only disrupts the assemblies but also adversely affects the soil quality. Several published studies show that supporting especially wheat roots through the plant growth-promoting bacteria (PGPB) would enhance plants’ availability for nitrogen, phosphorus, zinc, siderophores, and auxin hormones. While PGPB enhance the nutritional status of the plants, they also provide additional defense against various biotic and abiotic stress conditions. Hologenome is a term used to describe the net genetic information of the plant host and associated microbiota. From ancient wheat to modern cultivar, the core hologenome assemblies preserved even the human influences on the species. The conservation of the assemblies also suggests that the survival of wheat species extremely depended on the associated microorganisms. Data suggests that the incorporation of biofertilizers developed by considering the associated hologenomes of ancient wheat species would not only be beneficial for increasing the yield and quality in agricultural production of wheat but also for the ecology itself. © The Editor(s) (if applicable) and The Author(s), under exclusive license to Springer Nature Switzerland AG 2022.Öğe Identification and biochemical characterization of novel bacteria associated with Triticum monococcum ssp. monococcum(Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, 2021) Ünüvar, Ömer Can; Ünlü, Ercan SelçukTriticum monococcum ssp. monococcum (einkorn) yaklaşık 10-12,000 yıl öncesine Karacadağ, Türkiye bölgesinde orjinlenen atasal bir buğday türüdür. Buğday, artan dünya nüfusu için başlıca besin kaynaklarından biridir. Gıda ihtiyacı arttıkça ürün verimini arttırmak amacıyla gübreleme zorunlu bir hal almıştır. Fakat kimyasal gübrelerin kontrolsüz ve aşırı kullanımı çevreyi ve gıda güvenliğini tehdit etmektedir. Son yıllarda verimi arttırmak için tarımda sürdürülebilir yaklaşımların geliştirilmesine ihtiyaç artmaktadır. Bitki büyümesini teşvik eden bakterilerin kullanımı, mahsul verimini ve bitkinin çevresel strese karşı direncini arttıran bir yaklaşım sağlamaktadır. Biyogübrelerin tarımda kullanımında en büyük zorluk çeşitli ortamlardan izole edilen bakterilerin uygulama alanlarına adaptasyon problemlerinden kaynaklanmaktadır. Bu çalışmada, yerel buğday türü olan Iza buğdayı rizosferinden izole edilen bakteriler kullanılarak bitki büyümesinin destekleneceği varsayılmıştır. Bu amaçla buğdayda verim artışını sağlayacak bakterilerin izolasyonu yapılmış olup, bakterilerin tanımlanması üç yöntemin (MALDI-TOF, 16S rDNA ve 16S-23S rDNA intergenik bölge) yorumlanmasına göre yapılmıştır. Bu kapsamda tanımlaması yapılan bakterilerin tür adları Arthrobacter spp. ESU164, Arthrobacter spp. ESU193, Pseudomonas spp. ESU131, Pseudomonas spp. ESU141, Pseudomonas poae strain ESU182, Pseudomonas thivervalensis strain ESU192, Pseudomonas spp. ESU1531, Bacillus subtilis strain ESU181, Microbacterium foliorum strain ESU172, Microbacterium spp. ESU121 olarak belirlenmiştir. Ayrıca çalışma kapsamında her izolatın biyokimyasal özellikleri ve Triticum monococcum ssp. monococcum gelişimi üzerine etkileri belirlenmiştir. Sonuçlar tüm bakterilerin azot fiksleme kabiliyetlerinin olduğunu göstermektedir. Fosfat çözebilme kapasitesi en yüksek tür 2.805±0.439 değeri ile Pseudomonas spp. ESU131 iken Microbacterium foliorum strain ESU172 izolatı hariç tüm izolatların fosfat çözebilme kapasitesi göstermektedir. Tüm izolatlar IAA üreticisidirler. Bu sonuçlara ek olarak, dokuz farklı izolat bitki büyüme parametreleri üzerinde olumlu etki göstermiştir. Bu türler tarımsal uygulamalara yönelik biyogübre olarak kullanılabilecek önemli özelliklere sahiptirler.Öğe Identification of alternative oxidase encoding genes in Caulerpa cylindracea(Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi, 2016) Ünüvar, Ömer Can; Ünlü, Ercan SelçukAlternatif oksidazlar (AOX) türlerin farklı ortam koşullarına adaptasyon sürecinde yer alırlar. Mitokondrial AOX proteinlerinin elektron transport zinciri boyunca elektron akışında ve mitokondrial retrograde sinyal iletim yolağının düzenlenmesinde işlevleri olduğu açıklanmıştır. Alternatif oksidazların eşeyli ve vejatatif üreme fonksiyonlarında, oksidatif strese, soğuk strese, besin yetersizliğine ve biotik ataklara karşı dirençlerinde rol aldıkları karakterize edilmiştir. Alternatif oksidazlar bitki, mantar ve alglerde tanımlanmışlardır. Caulerpa cylindracea terörist yosun olarak da bilinen istilacı bir deniz yosun türüdür. Türün doğal alanları Güneydoğu Avustralya kıyıları olmasına rağmen türün istila etkileri Akdeniz ve Ege Denizi kıyılarında gözlemlenmiştir. Türün diğer türlere göre avantajı, soğuğa, besin yetersizliğine, patojen ataklarına karşı direnç göstermesi ve hem vejetatif hem de eşeyli yollarla üreyebilmesindedir. Ayrıca bu tür istila ettiği bölgelerde oksijen seviyesini düşürüp toprak yapısını değiştirerek diğer bitki türlerin yaşama olanağını yok etmekte ayrıca salgıladığı ikincil metabolitler vasıtasıyla çevresindeki canlılığın da olumsuz etkilenmesine sebep olmaktadır. Bu özellikler, alternatif oksidaz enzimlerinin aktif şekilde kullandığını işaret etmekte olup C. cylindracea üzerine alternatif oksidazları kapsayacak şekilde yapılmış herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Tür üzerine yapılan genetik çalışmalar çoğunlukla türün filogenetik konumunun belirlenmesine yönelik olup türün stres direnci ve yayılım karakteristikleri hususunda biyokimyasal veriler yetersizdir. C. cylindracea'ya istilacı güç sağlayan özelliklerin birçoğunun moleküler düzeyde AOX proteinlerinin kontrolü altında olduğu farklı bitki türlerinde ayrı ayrı gösterilmiştir. Buradan hareketle genel hipotezimiz C. cylindracea türünün istilacı özelliklerinin doğrudan AOX proteinleri ile ilişkili olduğudur. Çalışma hipotezimiz ise türün en az bir AOX genini kodladığı yönündedir. Bu hipotezi test etmek için bu çalışmanın amacı C. cylindracea türünde mitokondriyal AOX proteini kodlayan gen veya genlerin tanımlanmasıdır. Örnekler Seferihisar/İzmir'den toplanmıştır ve örneklerin transkriptom analizi yapılmıştır. 27737 transkript RNA-Seq verileri kullanılarak tanımlanmıştır. Detaylı biyoenformatik çalışmaları iki farklı mitokondriyal alternatif oksidaz proteini kodlayan gen varlığını açıklamıştır. Blast analizini DNA sekansı üzerinden yapıldığında herhangi bir eşleşme gözlenmemektedir. Bu sebeple biyoinformatik düzeyindeki karakterizasyon çalışmalarında protein dizileri temel alınarak analizlere devam edilmiştir. Analiz sonrası eşleşen sekanslara bakıldığında gerek domain bölgeleri gerekse sekans uzunlukları olarak farklı türlere ait alternatif oksidaz proteinlerine yüksek oranda (eşleşme yüzdesi 5 tür için %50'den büyük) benzerlik gösterdikleri görülmektedir. Tanımlanan AOX genlerinin dizi doğrulamaları başarıyla yapılmış ve gelecek gen ekspresyon çalışmalarında kullanılmak üzere maya vektörü içerisine aktarılmıştır. Çalışma kapsamında elde edilen transkriptom verileri ve AOX dizilerinin bilinmesi türün istilacı özelliklerinin anlaşılmasında gelecek çalışmalara yardımcı olacaktır.Öğe Identification of alternative oxidase encoding genes in Caulerpa cylindracea by de novo RNA-Seq assembly analysis(Elsevier, 2019) Ünlü, Ercan Selçuk; Ünüvar, Ömer Can; Aydın, MeryemAlternative oxidases (AOX) are defined in plants, fungi and algae. The main function of AOX proteins has been described for electron flow through electron transport chain and regulation of mitochondrial retrograde signaling pathway. The roles of AOX proteins have been characterized in reproduction and resistance against oxidative stress, cold stress, starvation, and biotic attacks. Caulerpa cylindracea is an invasive marine green alga. Although the natural habitats of the species are Australia coasts, the impact of the invasion has been monitored through the Mediterranean Sea and the Aegean Sea. C. cylindracea species have advantages against others by showing higher resistance to stress conditions such as cold, starvation, pathogen attacks and by their capability of sexual and vegetative reproduction. Comparing the advantages of C. cylindracea over the niche and defined functional roles of mitochondrial AOX proteins, it is evident that AOX proteins are likely involved in developing those advantageous skills in C. cylindracea. However, there is limited data about biochemical and molecular mechanisms that take part in stress resistance and Invasion characteristics. We aimed to identify mitochondrial alternative oxidase encoding genes in C. cylindracea while annotating whole transcriptome data for the species. Samples were collected from Seferihisailizmir. Transcriptome analysis from pooled RNA samples revealed 47,400 assembled contigs represented by 33,340 unigenes. Using standalone Blast analysis, we were able to identify two alternative oxidase encoding genes.Öğe Meta-analysis of sugar beet (Beta vulgaris L.) transcriptome profiles under different biotic and abiotic stress conditions(Springer, 2023) Bulut, Burak; Gürel, Songül; Ünüvar, Ömer Can; Gürel, Ekrem; Ünlü, Ercan SelçukSugar beet (Beta vulgaris L.) meets the 21% of world sugar production. Soil pollution, biotic and abiotic factors in production areas greatly reduce product quantity and quality. Sugar beet responds to biotic and abiotic stresses such as drought, salt, heat, light, and infections of nematode, bacteria and fungi at the molecular level. Understanding molecular mechanisms require comprehensive genomics studies in order to control these mechanisms to increase the yield and quality. Transcriptome studies performed under stress conditions can shed light on the responses of plants at the molecular level. In addition, meta-analysis can help to find common responses under different stress conditions. In this study four different stress-related transcriptome data were used: two of them are related with biotic stress (nematode and fungi infection) and two of them are related with abiotic stress (ABA treatment and salt stress). In this study, we performed meta-analysis of studies conducted under biotic and abiotic stress conditions. Our results revealed 460 commonly regulated genes from biotic stress related data and 1031 commonly regulated genes from abiotic stress related data. Our data also showed that expression of ten genes is controlled regardless of the type of stress condition. The data can be useful for understanding the molecular aspect of adaptive stress response in sugar beet.Öğe De novo assembly and annotation of microalga tetradesmus obliquus transcriptome(Central Fisheries Research Institute, 2022) Ünüvar, Ömer Can; Ünlü, Ercan SelçukTetradesmus obliquus is a unicellular green microalga and considered as a potential source for biotechnological production of pigments such as lutein. No genome-related data is available for T. obliquus that would increase the ability to develop new approaches in biotechnological applications. We present the first transcriptome data for T. obliquus. The aim of this study is to provide a comprehensive transcriptome annotation and identification of conserved genes involved in lutein pigment biosynthesis in Tetradesmus obliquus cells by analyzing pooled RNA-Seq data. Next-Generation Sequencing was applied for the pooled cDNAs library prepared by combining the cell cultures collected from samples exposed to dark and high light intensity conditions. Transcripts were assembled by the de novo assembly approach. Trinotate software was used for functional annotation of assembled transcripts. We also carried out BLAST analysis comparing the transcriptome data against known lutein biosynthesis genes. The 49.15% of the assembled sequences were functionally annotated, providing a total of 21490 unigenes. Our data also revealed the transcript sequences for ten conserved genes required for lutein biosynthesis. The data produced in this study can be used for molecular approaches in biotechnological applications related to T. obliquus, such as increasing the yield of pigment production.Öğe Transcriptome sequencing based identification of alternative oxidase genes in white water-lily, Nymphaea alba(Wiley-Blackwell, 2016) Yıldız, Gülgez Gökçe; Ünüvar, Ömer Can; Kaya, Özge; Ünlü, Ercan Selçuk[No Abstract Available]
